Pelaksanaan Penjaminan Mutu UMJ dilakukan oleh Badan Penjaminan Mutu di tingkat Universitas. BPM menjalankan kegiatan sebagai berikut :

1. Membuat Tim Ad Hoc dalam penyusunan dokumen mutu yaitu dokumen :
2. Kebijakan SPMI
3. Manual SPMI
4. Standar SPMI
5. Formulir
6. Kode Etik