Pelaksanaan Penjaminan Mutu UMJ dilakukan oleh Badan Penjaminan Mutu di tingkat Universitas. BPM menjalankan kegiatan sebagai berikut :
- Membuat Tim Ad Hoc dalam penyusunan dokumen mutu yaitu dokumen :
- Kebijakan SPMI
- Manual SPMI
- Standar SPMI
- Formulir
- Kode Etik